Informações Básicas sobre JATS-XML

José Carvalho — Wed, 29 Jul 2020 08:45:03 +0000

JATS-XML

A evolução da Ciência Aberta associada à evolução da web tem trazido vários desafios para os editores das revistas. Um dos grandes desafios tem sido a adoção do JATS-XML como formato padrão para publicação e consequente preservação digital, sobretudo. É por isso importante compreender o que é o JATS-XML, os seus componentes, as vantagens, como se pode adotar e, por fim, conhecer o serviço de apoio à marcação de texto que o projeto PubIn disponibilizará para toda a comunidade.

O que é?

Antes de iniciarmos a marcação de texto em formato JATS-XML é essencial percebermos do que se trata.

Certamente o XML é uma expressão que é mais reconhecida pela comunidade. Por isso, iniciamos esta caracterização a partir da definição de XML.

O XML (Extensible Markup Language) é uma linguagem de marcação, que pode abarcar vários formatos. Um desses formatos é o JATS (Journal Article Tag Suite), que é a norma ISO Z39.96 e define um conjunto padrão de tags para marcar os metadados e o conteúdo dos artigos de revistas científicas. Por outras palavras, o JATS é um padrão internacional e aberto de comunicação científica que define o conjunto de elementos e atributos e identifica detalhadamente as estruturas, elementos bibliográficos, tabelas, textos, fórmulas, etc, que compõem os artigos, enriquecendo desta forma a semântica dos mesmos.

Esta norma define 3 modelos no JATS, denominados “Tag Sets”, para abarcar todo o ciclo de vida de um artigo, nomeadamente:

Conjunto de Tags para a autoria (https://jats.nlm.nih.gov/articleauthoring/);
Conjunto de Tags para a publicação de revistas (https://jats.nlm.nih.gov/publishing/);
Conjunto de Tags para o arquivo e intercâmbio, isto é, direcionada para a sua preservação digital (https://jats.nlm.nih.gov/archiving/).

Componentes do JATS-XML

Um arquivo JATS-XML assume a seguinte estrutura:

Front Matter () – associado aos metadados da revista e do artigo, nomeadamente, título da revista e título do artigo, autores e identificadores.
Body Matter () – relativo a narrativa do artigo, o que inclui os parágrafos, as secções, figuras e gráficos, tabelas, equações e citações.
Back Matter () – integra as notas, referências bibliográficas, apêndices e anexos.

Um arquivo JATS-XML é composto por tags, elementos e atributos. As tags são o conjunto de caracteres que formam um elemento, isto é, servem para marcar onde começa e termina o elemento. O elemento, por sua vez, é substantivo. Um atributo é utilizado para qualificar ou complementar a informação marcada pelo elemento que pertence. Para exemplificar vejamos o esquema seguinte:

Além de perceber os componentes do JATS-XML é também importante conhecer algumas regras básicas de aplicação, nomeadamente:

as letras minúsculas e maiúsculas são diferentes, isto é, a tag
é diferente da tag
;
a forma como abrimos um elemento, isto é, a tag de início, é a mesma que devemos utilizar para o fechar, sob o risco de o XML não considerar que o elemento foi fechado. Exemplo: se abrimos o elemento com
será fechado com
;
um elemento aberto dentro de outro tem de ser fechado antes do primeiro, isto é, se o elemento p foi aberto antes do elemento b, o p só pode ser fechado após o b. Exemplo:
Plataforma Integrada
.
os valores dos atributos surgem entre aspas duplas. Exemplo: .

3. Vantagens da adoção do JATS-XML

A adoção do JATS-XML tem vindo a ser um requisito de indexação nas diferentes bases de dados e serviços externos e isto acontece porque se reconhece as vantagens que este formato acarreta, nomeadamente:

é um formato que é processado por máquinas e legível por humanos;
viabiliza a automatização dos processos, ao permitir a extração dos textos marcados e os metadados do artigo, como títulos, autores, resumos, palavras-chave, data de submissão e data de aceitação, que o identificam, e das referências bibliográficas que permitem efetuar cálculos de indicadores bibliométricos;
aumenta o número de leitores e o factor de impacto, já que os artigos publicados em JATS-XML podem ser processados por máquinas e pesquisáveis o que significa que podem ser acedidos, lidos e indexados pelos mecanismos de pesquisa. Assim, sempre que alguém pesquisar por uma palavra-chave que se encaixa no conteúdo do artigo, o mesmo aparecerá nos resultados de pesquisa.

a marcação do JATS é estrutural ou semântica e declarativa, o que facilita o processamento dos artigos;
sendo o JATS projetado para artigos, é um formato ajustável a forma como as revistas e os pré-prints são publicados;
há documentação variada disponível online sobre o conjunto de tags, com explicações e exemplos, assim como, várias recomendações de práticas;
existência de ferramentas para controlar a qualidade e para produção do ficheiro de saída disponíveis gratuitamente: texture, github, entre outros;
facilmente personalizável;
assume um padrão dinâmico, pelo que os editores e utilizadores podem solicitar novos recursos e alterações, através do site www.niso.org/standards-committees/jats.
o formato JATS-XML garante que os arquivos sejam legíveis ao longo do tempo, independentemente dos avanços tecnológicos, possibilitando a preservação digital;
interoperabilidade ao possibilitar a reutilização por vários sistemas;
capacidade de extração de vários formatos (html, pdf, epub) e de apresentação em diversos dispositivos, o que reduz custos e tempo de produção.

4. Documentação Necessária

Para apoiar a marcação de texto este serviço terá documentação de suporte, tal como, disponibilização de apresentações com a explicitação da marcação de texto e manuais de formação. Por sabermos que há diversos níveis de conhecimento e de dificuldade na comunidade e para irmos ao encontro das diferentes necessidades serão disponibilizados manuais de formação de nível básico e de nível intermédio.

5. Canais de Apoio

O Serviço de Apoio a Marcação de Texto disponibiliza um serviço de helpdesk, contacte-nos!

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